《国家税务总局关于非居民企业所得税管理若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第24号）规定，非居民企业取得来源于中国境内的担保费，应按照企业所得税法对利息所得规定的税率计算缴纳企业所得税。上述来源于中国境内的担保费，指中国境内企业、机构或个人在借贷、买卖、货物运输、加工承揽、租赁、工程承包等经济活动中，接受非居民企业提供的担保所支付或负担的担保费或相同性质的费用。

    因此，甲公司取得的担保费，应按照企业所得税法对利息所得规定的税率计算缴纳企业所得税，即利息所得以收入全额为应纳税所得额，适用税率为20%，减按10%的税率缴纳企业所得税。对其应缴纳的所得税，实行源泉扣缴，以支付人为扣缴义务人。税款由扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴。

    关于到期应支付的款项扣缴所得税问题，国家税务总局公告2011年第24号规定，中国境内企业和非居民企业签订与利息、租金、特许权使用费等所得有关的合同或协议，如果未按照合同或协议约定的日期支付上述所得款项，或者变更或修改合同或协议延期支付，但已计入企业当期成本、费用，并在企业所得税年度纳税申报时在税前扣除的，应于企业所得税年度纳税申报时，按照企业所得税法有关规定代扣代缴企业所得税。

    因此，建筑公司在办理2012年度企业所得税纳税申报时，上述未支付的200万元担保费如果已计入当期成本、费用并在税前扣除，应一次性扣缴企业所得税20万元（200×10%）。如果在合同或协议约定的支付日期之前支付上述所得款项的，应在实际支付时扣缴企业所得税。